EDA kõrgeimaks organiks on üldkogu, mis moodustub kõikide EDA liikmesorganisatsioonide esindajaist. Üldkogu koguneb vähemalt 1 kord aastas. Üldkogu valib 4 aastaks revisjonikomisjoni ja juhatuse. Juhatus nimetab oma liikmete hulgast presidendi. Juhatuse funktsiooniks on EDA tegevuse koordineerimine üldkogude vahelisel perioodil. Juhatus võtab tööle tegevdirektori, kelle ülesandeks on kogu EDA tegevuse juhtimine. EDA tegevdirektor sõlmib töölepingud raamatupidajaga ja projektijuhtidega. EDA juures tegutseb ajakirja Diabetes toimetuse kolleegium ja EDA ekspertkomisjon